【GEO Database

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文章目录一、从GEO查询GSE65496,并下载GSE65496_family.soft和原始数据（.cel格式）二、仔细研读soft格式文件三、用Bionconductor下的affy包下函数处理.cel文件，得到探针表达值1.用Bioconductor中的相应包对表达谱数据做质量分析1）灰度图2）RNA降解分析 2.对芯片数据做如下分析1）Mas5或rma方法进行背景校正，标准化（归一化）2）提取表达值四、下载该数据对应的平台数据，通过文本处理，将探针和gene symbol对应，得到gene symbol的表达值背景介绍：Affymetrix的探针（probe）一般是长为25碱基的寡聚核苷酸；探针总是以perfect match 和mismatch成对出现，其信号值称为PM和MM，成对的perfect match 和mismatch有一个共同的affyID。

CEL文件：信号值和定位信息。 CDF文件：探针对在芯片上的定位信息

affy包是R语言的bioconductor系列包的一个，就一个功能，读取affymetix的基因表达芯片数据-CEL格式数据，处理成表达矩阵！！！（转）

一、从GEO查询GSE65496,并下载GSE65496_family.soft和原始数据（.cel格式）

我直接进入NCBI官网->GEO Database -> 搜索GSE65496后下拉至页面底部进行下载但是不推荐！！！建议直接安装GEOquery包进行下载

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GEOquery") library("GEOquery") getGEOSuppFiles("GSE65496") ##解压 untar("GSE46106_RAW.tar") 二、仔细研读soft格式文件

#是对平台的描述数据从ID那一行开始我们要用到标绿的那三列（ID，GeneSymbol，ENTREZ_GENE_ID）

三、用Bionconductor下的affy包下函数处理.cel文件，得到探针表达值 1.用Bioconductor中的相应包对表达谱数据做质量分析

首先，安装affy包，读取.cel文件

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(version = "3.12") BiocManager::install("affy") BiocManager::install("limma") library("Biobase") library("affy") library("limma")

读取下载好的数据

setwd("C:/Users/Administrator/Desktop") data.raw

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